Die Stabsstelle Organisation und Zusammenarbeit ist für genau diese Themen im Landeskirchenamt zuständig. Das umfasst unter anderem die Vor- und Nachbereitung von Sitzungen, die Begleitung und Leitung abteilungsübergreifender Projekte, die Aufnahme und Optimierung von Verwaltungsprozessen, sowie die Begleitung und inhaltliche Weiterentwicklung des Dokumentenmanagementsystems (DMS). Die Stabsstelle ist direkt der Präsidentin des Landeskirchenamtes zugeordnet.